La cuenca del lago se caracteriza por tener una flora peculiar debido a la influencia termorreguladora del lago, creándose un “microclima” debido al flujo de calor del lago hacia la zona circunlacustre por las noches.

En términos generales, se puede distinguir 3 pisos bioclimáticos en la cuenca del Titicaca, de disposición concéntrica, con características florísticas propias, definidos básicamente por la lejanía del lago y la altitud sobre el nivel del mar, a saber: la zona circunlacustre (aproximadamente a 3.820 m de altitud y en la zona de poca profundidad hacia las orillas), la zona intermedia y la zona cordillerana.

La vegetación acuática litoral conforma un biotopo de gran importancia en el ecosistema lacustre, ya que proporciona: a) abrigo, nutrición y sitios de reproducción para las especies ícticas, especialmente nativas; b) sitios de nidificación para numerosas especies de la avifauna; y c) forraje para animales domésticos y posiblidades de caza para la población ribereña. Además, constituye un filtro natural de los aportes biogeoquímicos y antropogénicos al lago.

Las poblaciones de fitoplancton son más abundantes en el Lago Menor que en el Mayor, lo que se atribuye a la mayor fertilización de las aguas del primero y a la mayor capacidad amortiguadora del volumen y la profundidad, por cierto efecto sumidero de la cubeta del Lago Mayor. Esto también provoca que la oscilación estacional de biomasa sea menor en el Lago Mayor. Los taxones dominantes en el lago Mayor son Chlorococcales y, en Lago Menor, Dismidiaces, pertenecientes al grupo de las Chlorophytas. Es de destacar la escasez de Cyanophytas y Bacillariophytas, y la ausencia de Euglenophytas y Peridiniales.

En cuanto a la flora diatómica del lago, además de su pobreza relativa en el número de taxones presentes, se caracteriza por una fuerte tasa de cosmopolitismo. Con la excepción de tres taxones: Cocconeis titicacaensis, Cyclotella andina y Mastoglia atacamae, que pueden ser hasta la fecha considerados como endémicos, todos los demás tienen una extensa repartición geográfica.

En la Bahía de Puno se ha observado el predominio de las clorofitas (50-60% de la abundancia total media) tanto en la zona interior como exterior, siendo las diatomeas, como subdominantes, más importantes en la zona exterior (aunque muy variables, sobre todo en función de las precipitaciones -que las hacen menos abundantes-). Las cianofitas, al igual que las clorofitas, se muestran más constantes a lo largo de las estaciones. En la zona interior de la bahía se observó una abundancia mayor de algas verdeazuladas (Anabaena y Oscillatoria) que manifiestan la tendencia a la eutrofización, mientras que las comunidades de diatomeas de la bahía exterior son más propias de aguas oligotróficas (NORTHCOTE et al. 1991).

Los organismos fitoplanctónicos son usados como organismos indicadores de la calidad del agua. Así, las chlorophytas Pediastrum sp., Ankistrodemus sp. y Scenedesmus sp. son géneros que habitan lagos mesotróficos a eutróficos. Así también, las chlorophyitas pueden crecer no sólo en ambientes contaminados por descargas orgánicas, sino también en ambientes contaminados por metales pesados; muchas de ellas son tolerantes a ellos y tienden a acumular sustancias. Dentro de las cyanophytas, Choroococcus sp., Anabaena sp. y Oscillatoria sp. son muy frecuentes en lagos eutroficados. Anabaena y Oscillatoria son organismos que pueden formar floración, lo que implica la producción de toxinas que pasan al agua.

Las macrofitas acuáticas viven en asociación, siendo la totora una de sus principales especies. En general, las mayores poblaciones de macrofitas están localizadas cerca de las desembocaduras de los principales ríos, ya que estos llevan gran cantidad de nutrientes. En particular, la totora reparte su biomasa en función de la profundidad, con una profundidad máxima de colonización hasta 3.805 m en el Lago Mayor y hasta 3.807 en el lago Menor. En base a estos datos se estima que la superficie potencial máxima de macrófitas en el Titicaca es de 70.000 ha.

Las plantas superiores están representadas por un número muy pequeño de especies en las aguas del lago. Esta pobreza es particularmente evidente si se compara esta flora a la de pequeños lagos de la cordillera aguas arriba del lago.

El inventario de especies acuáticas del lago Titicaca es ciertamente corto: tan solo una docena de especies, y es que la homogeneidad de los biotopos posiblemente sea también responsable de la homogeneidad florística. Algunas de las especies presentes son típicas de los humedales altoandinos, como Schoenoplectus tatora (totora), Elodea potamogeton (chinquillachu), Myriophyllum elatinoides (huascacho o hinojo llachu) y Lilaeopsus andina. Otro importante grupo lo constituyen las especies cosmopolitas: Lemna gibba (lenteja de agua), Ruppia maritima, Zannichellia palustris, Potamogeton strictus (lujurollachu, chilliguallachu, shigillachu o yurac llachu), Ranunculus tricophyllus y Hydrocotyle ranuncoloides. Otra especie de amplia distribución, originaria de las zonas cálidas del continente americano, aunque actualmente extendida por buena parte del mundo, es Azolla filiculoides. (RAYNAL-ROQUES 1991).

En el caso particular de la Lenteja de agua (Lemna gibba), se trata de una macrófita flotante de presencia frecuente en aguas con altas tasas de ingreso de nutrientes. Es una especie introducida de modo inintencionado en tiempos recientes, colonizando las zonas de aguas eutróficas de las riberas, observándose una capa superficial verde en caso de haber una gran cantidad, transformado el ambiente y el paisaje. Una característica de esta especie es su gran capacidad para retirar nutrientes del medio y convertirlos en materia vegetal, lo que le hace ser un buen descontaminante del agua, pero que requiere ser retirado del medio periódicamente para evitar que se convierta en un tapiz excesivamente denso y que, bajo la sombra producida, el exceso de nutrientes produzca unas condiciones de anoxia demasiado severas. Su potencial como planta forrajera es alto, siempre que no acumule sustancias tóxicas presentes en el medio, por eso se están estudiando posibilidades de uso como abono (compost) y transformación para elaboración de alimento balanceado para animales. Algunas aves y animales la consumen como parte de su alimento. Su presencia masiva causa un impacto negativo en el turismo. Es necesario investigar sobre la bioecología de la especie y tecnología para su manejo. Existe una gran cantidad de esta especie en la Bahía de Puno.

El paisaje vegetal del Lago está caracterizado por las masas de totora, Elodea y Myriophyllum. La totora forma unas extensas masas en zonas litorales del Lago Mayor, especialmente las próximas a desembocaduras de ríos, donde la profundidad es menor (la totora enraíza en zonas que no deben sobrepasar los 2 a 4,5 m, vive parcialmente sumergida o a veces emergida ocupando suelos sólo pantanosos de orilla), y en grandes extensiones de la Bahía de Puno y del Lago Menor. Las especies que orlan, a su vez, los totorales, son algunas plantas flotantes y sumergidas, como Azolla, Elodea, Miriophyllum y Potamogeton. (RAYNAL-ROQUES 1991).

La distribución de los totorales en el Lago Titicaca es dispersa, encontrándose en la mayoría de los casos en las bahías y a profundidades de 0 a 5 metros. La biomasa no es homogénea debido a diversos usos de las poblaciones ribereñas y a los efectos del medio ambiente.

En la tabla 1 se indica la variación de la totora en, hectáreas, entre los años 1950 y 1992 para Perú y Bolivia:

TABLA 1. VARIACIÓN DE LA TOTORA (ha)
Años	Perú	Bolivia	Total
1950	56.526	---	---
1970	53.599	(3.493)
1985	44.092	13.306	57.398
1992	24.626	12.800	37.426

Estimaciones realizadas a partir de fotografías aéreas en el marco del Plan Director Binacional, muestran que entre 1950 y 1992 la superficie de totorales (única asociación visible en las fotos) en el sector peruano pasó de 56.526 ha a 24.626 ha, una disminución del 56%. En todo el lago, se estima que entre 1970 y 1992 los totorales pasaron de 59.132 ha a 37.426 ha, lo que representa una disminución del 32% en sólo 22 años.

La fuente de disminución del totoral en el lado peruano se debe en su mayor parte a la sobreexplotación, en particular después de 1986. En el lado boliviano, la biomasa del totoral ha permanecido más o menos estable.

Un factor de gran importancia en el avance o retroceso de los totorales es el nivel del lago. Los niveles altos aumentan la superficie vegetal, aunque se requeriría una crecida de una duración de 2 a 3 años para mostrar cambios. Una subida demasiado rápida podría afectar a la totora por sumersión.

Los niveles bajos traen consigo perjuicios a la vegetación. Así, se estima que el descenso de 1943, que alcanzó 3.806,15 msnm originó una desaparición casi total del Llachu en el Lago Mayor, mientras que los totorales se habrían reducido un 20%. No obstante, la recuperación de los niveles trajo consigo la recuperación de la vegetación, gracias a la conservación de los rizomas de la totora en los sedimentos húmedos. Algunas evaluaciones realizadas permiten estimar la supervivencia de los diversos tipos de asociaciones vegetales acuáticas a diferentes niveles del lago como se muestra en la siguiente tabla:

TABLA 2. SUPERVIVENCIA DE LA VEGETACIÓN ACUÁTICA A DIFERENTES NIVELES DEL LAGO (%)
Cota (msnm)	Llachu	Totora	Chara
Lago Mayor:
3.808,50	20	70	100
3.808,25	10	65	90
3.808,00	0	55	80
3.807,00	0	40	60
Lago Menor:
3.808,50	20	90	100
3.808,25	10	75	100
3.808,00	5	55	90
3.807,00	0		90

Fuente: Plan Director Binacional

En consecuencia, es necesario adoptar medidas de preservación y tener cuidado durante los descensos notables del lago, a fin de adelantar acciones que mitiguen el impacto de tales descensos. Asimismo, dado el fuerte descenso que ha tenido la superficie de totorales, particulamente en el sector peruano, se hace necesario adelantar programas específicos de repoblamiento. Por ello, el PELT, desde 1992, ha recuperado y sembrado 2.984 ha en áreas hidromórficas del Lago Titicaca sector peruano, beneficiando a 62 comunidades campesinas. Para ello ha utilizado la mejor época de siembra (de agosto a diciembre), iniciando con la selección del área de reimplante, limpieza, marcación, selección del mejor.

Las carofíceas constituyen el otro gran grupo de macrofitas del Lago. Se encuentran mezcladas con Elodea y Myriophyllum, formando grandes masas mixtas que se hacen dominadas por Chara spp. (sobre todo) y Nitella clavata. Estos últimos taxones dominan en zonas más profundas, donde forman abigarradas masas prácticamente monoespecíficas (Chara spp.).

Las especies de carofíceas presentes son: Chara fibrosa, Chara globularis, Chara baltica var. andina, Chara papillosa, Chara vulgaris, Chara contraria, Chara gymnophylla, Chara denudata, Lamprothammium succinctum, Nitella clavata y Tolypella grupo nidifica.

Un tercio de los fondos del lago Titicaca recubiertos de vegetación lo están por Chara, constituyendo un porcentaje muy alto de la biomasa vegetal total (60% del Lago Menor y 35% de la Bahía de Puno) y de la producción primaria (60% en el Lago Menor y 47% en la Bahía de Puno). (GUERLESQUIN 1991).

- Grupo de orilla Lilaeopsis + Hydrocotyle. Aparece entre 0 y 0,2 m de profundidad, en zonas, evidentemente, de pendiente muy débil y sustrato fino.

- Grupo Myriophyllum – Elodea. Entre 0,2 y 2,5 m. Se desarrolla especialmente acompañando los totorales. Otras especies que aparecen en esta zona son Potamogeton, Zannichellia, Ruppia y Sciaromium (musgo).

- Grupo de Schoenoplectus tatora. Entre 2,5 y 4,5 m. En zonas con densidades de más de 50 tallos/m2 se acompaña especialmente de Potamogeton, que se sustituyen por Chara cuando la masa se hace más laxa (la siega de totora produce la sustitución por esta carofícea).

- Grupo de plantas flotantes Lemna + Azolla. Se encuentran junto a las orillas y acompañando los grupos anteriormente descritos, en zonas donde el viento bate poco.

- Grupo de Characeae. Entre 4,5 y 7,5 m. Esta es la zona de desarrollo máximo, si bien pueden encontrarse a profundidades mayores de 15 m.

- Grupo de Potamogeton de mayor profundidad. De 7,5 a 9,5 m. En esta zona la reproducción es exclusivamente vegetativa. Se acompaña de Zannichellia, que sí se reproduce sexualmente.

En biomasa, los taxones más abundantes son Chara y Schoenoplectus (80 % de la biomasa total), seguidos muy de lejos de Myriophyllum y Elodea y, finalmente, de Potamogeton.

Según el trabajo “Investigación y monitoreo de los ríos Carabaya-Ramis y Cabanillas y del Lago Titicaca”, en la zona lacustre, a aproximadamente 3.820 m de altitud y a poca profundidad hacia las orillas, aparecen plantas acuáticas (hidrofitas) sumergidas que forman extensas comunidades denominadas “Llachu”. El llachu está constituido por varias especies fanerógamas, como Myriophyllum quitense, Elodea patamogeton, Zannicchellia andina, Potamogeton punnense y además Chara vulgaris (alga). También aparece la lenteja de agua en extensas masas, especialmente en las zonas donde descargan las aguas servida de las ciudades.

En las orillas del lago la formación vegetal dominante es el totoral. Los totorales constituyen el medio y el hábitat natural donde se desarrollan muchas especies de flora (Llachos, Elodea patomogeton, Chara sp., Lemna giba, denominada lenteja de agua, etc) y fauna (60 especies de aves, 15 especies de anfibios, 12 especies de peces, 18 especies de zooplancton y numerosas especies de invertebrados), conformando un ecosistema natural para el crecimiento de las especies, y a la vez una belleza paisajística que le da un mayor atractivo y condiciones socioeconómicas a las poblaciones asentadas en el lugar, permitiendo así mejores posibilidades de desarrollo y bienestar familiar.

Así, los totorales constituyen un biotopo especialmente reconocido por ofrecer cobijo a peces y aves y, muy especialmente, a sus puestas y crías, encontrándose, además, gran cantidad de alimento en ellos. Por otro lado, la totora es muy importante en la economía campesina ribereña del Lago, que utilizan esta planta (y el llacho o llachu) como complemento para alimentar al ganado. También es tradicional el uso de la totora para la artesanía, construcción de embarcaciones e islas (Uros). La totora es también utilizada para la alimentación humana, consumiéndose los rizomas (sacca cuando es joven, y siphi cuando es maduro), los ápices de los rizomas (misti ayllu) y la base de los tallos (parte esponjosa blanca: chullo), que es muy rica en yodo, previniendo el bocio. La importancia antedicha de los totorales como biotopo también se manifiesta en el aprovechamiento cinegético que hacen los campesinos (a veces de un modo sostenible, en muchas otras ocasiones en exceso), así como medio para ejercer la pesca (aunque es sensible por tratarse de zonas de reproducción) (PELT 1993).

Más alejadas del lago viven comunidades de "ichu", que son gramíneas de hojas duras y enrolladas pertenecientes principalmente a los géneros Calamagrostis, Festuca, Stipa y Poa.

La producción primaria en 1973 (RICHERSON et al. 1977) se mantuvo muy constante, variando entre 0,74 y 2,79 gC/m2/día (media anual: 1,46 gC/m2/día; 1,34 gC/m2/día, según WILHELM 1986), sin verse ningún patrón claro estacional deducible de los datos utilizados.

La biomasa de fitoplancton (Lago Mayor, año 1973, datos de RICHERSON et al. 1977) sí presenta una fluctuación grande, a pesar de la estabilidad térmica y la poco variable tasa de horas de luz estacional. El valor máximo de biomasa se encontró en el mes de febrero (58,5 mgC/m3), y el mínimo en noviembre (13,2 mgC/m3). Salvo por la punta de biomasa citada, este parámetro es bastante constante a lo largo del año, con una única discontinuidad clara en la primavera, cuando se produce una caída sostenida. El valor medio anual de la biomasa fitoplanctónica es de 26,8 mgC/m3.

El rendimiento de la producción de totora en el sector peruano es de 130 a 280 t/ha y en el sector boliviano de 150 a 290 t/ha, alcanzando una producción primaria expresada en materia verde de 10.955 t (Noriega G., 1993).